エクセルで最近使ったファイルから削除してしまったファイルはどこへ行きますか？ゴミ箱には無いです。

Excelを起動して最初に表示される「最近使ったファイル」の一覧リストの事でしょうか？

そうであれば下に進む。

それは履歴です。

ファイルの実体ではないですので「最近使ったファイル」の一覧リストからファイル名を削除してもファイルの実体には何も影響を与えません。

そして履歴ですのでファイルの実体は過去には有ったが今は有るかどうかは問わないというものです。

そのファイルを利用した時点で保存されていた場所にファイルは残っています。

「最近使ったファイル」から削除しただけでは元の所にあると思いますが。

どこに保存したか。 Onedrive なども見て下さい。