wordアプリの編集上の画面と印刷時（PDF時）とで行の幅が異なってしまう

iPad は使っていないので未確認ですが、游明朝は文字上下の余白が大きいフォントなので、ページの行数設定によって行間隔が変化することがあります。

例：1ページの行数を増やすと行間隔が広くなる (1行の行間に収まらなくなるため) など。

モバイル用 Office と PC / Mac 用 の Office の、機能的な違いも影響があるのかもしれません。

Windows PC の Word では、編集画面上でも変化が確認できるので、段落設定を編集すれば良いですが、以前からある MS明朝など、他のフォントに変えても同様になるか確認してみてはどうでしょうか。