スキャンソフトは画像として取り込みをするもので、文字や画像を認識して取り込みするのがOCRソフトになります。
日本語の場合、横書き、縦書きのほかひらがな、カタカナ、漢字などの文字が多く、認識するための辞書なども必要となるのでフリーソフトはあまり見当たりません。
あったとしても認識精度はあまり高くないようなので、チェックや修正などで余計に手間がかかってしまうことも考えられます。
検索してみたところ、¥5,000~10,000程度で製品があるようなので、これらを購入して利用するか、量が少なく、編集や修正する個所が少ないのであれば、テキストボックスなどを重ねて書き込みするなどの方法で対応ができるのではないかと思います。
以下、参考になると思われる情報です。
・変換精度が信頼できる日本語OCRソフトはどれ?
http://monomania.sblo.jp/article/55737163.html
・上記で紹介されている某社のエンジンを利用した製品
http://www.sourcenext.com/product/pc/use/pc_use_000941
・Vecter のOCRページ (もう少しあると思ったのですが、意外と少ないです)
http://www.vector.co.jp/vpack/filearea/win/hardware/scan/ocr/