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Teamsを新たなテナントで使いだしましたが、勝手にファイルが削除されてしまいます。おそらく1ヶ月ぐらいで消えてしまうのですが、ご経験ありませんでしょうか？
SharePoint見るとでごみ箱に入っていて、削除者はシステムアカウントになっています。
「アイテム保持ポリシー」以外には疑わしき設定は無いでしょうか？
Microsoft Teams 内から OneDrive などのローカルまたはクラウド サービスのドキュメントを格納する
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チームのファイル内です。
チーム内の投稿でアップロードされたものも同様にチーム内のファイルタグ下となります。
Generalの直下も、Chanelの下もです。
削除されているので、SharePointで開いてごみ箱を見ると見つかります。
前述の通り削除者はシステムアカウントです。
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質問のカテゴリーは、「Teams for Education」ではないでしょうか？
教育機関向けには「課題」という機能がある様ですが、その課題を削除されたのでは無いでしょうか？
![](data:image/svg+xml, %3Csvg xmlns='http://www.w3.org/2000/svg' height='64' class='font-weight-bold' style='font: 600 30.11764705882353px "SegoeUI", Arial' width='64'%3E%3Ccircle fill='hsl(297.6, 74%, 38%)' cx='32' cy='32' r='32' /%3E%3Ctext x='50%25' y='55%25' dominant-baseline='middle' text-anchor='middle' fill='%23FFF' %3EJK%3C/text%3E%3C/svg%3E)
Teams のどこに保存されているFile でしょうか？
Channel、 Chat、 Meeting などのいずれでしょうか？