まず、この手の開発者向けの質問はここではなく、MSDN フォーラム にお願いします。 https://social.msdn.microsoft.com/Forums/ja-JP/home 開発者からの有用なアドバイスが貰えるでしょう。このMicrosoft コミュニティは、エンドユーザーが情報交換する場です。
それはさておき HKEY_CURRENT_USERのレジストリは個人用レジストリなので、匿名性が高い動作をするMSIインストーラからはアクセス出来なかったのでは無いかと思います。(うろ覚え)
余計なお世話かも知れませんが、個人用レジストリを使う考え方として、アプリのインストール時にインストーラが「ある特定個人向けに」設定するのではなく、インストール済アプリを「特定個人」が実行した時に初めて、その実行したアプリが「特定個人向けに」初期設定するという動作をするべきだと思うのですが、いかがでしょう。