ユーザー辞書のファイルについては、「C:\Windows\System32\IME\IMEJP\IMJPUEX.EXE」を実行して、「辞書/学習」タブにあるユーザー辞書の設定を確認しましょう。
「C:\Windows\System32\IME\IMEJP\IMJPDCT.EXE」がいわゆる「単語の登録」ツールです。実行して、「ユーザー辞書ツール」を選択して、単語の一覧が表示されないのであれば、ユーザー辞書の破損もしくはユーザープロファイルの破損によってユーザー辞書が失われて新規に構築されている可能性があります。
バックアップについては、ユーザー辞書ファイルを直接バックアップするよりも、「単語の登録」ツールでテキストファイルにダンプ出力したものをバックアップしたほうがいいでしょう。その方がリストアというか再登録がしやすいです。