自分も、MSA(Microsoft アカウント)に MS のメアドを使う人の方が、他社メアドを使う人よりトラブらない事には同意します。でも、その原因がメアド自体にあるとは思っていません。
例えば、
外部ドメインのメールアドレスを Microsoft アカウントに登録した場合、そのメールアドレスがセキュリティ情報として登録されるので、それ以上の本人確認を求められない場合があるが、その状態でメールアドレスが受信不可になるとセキュリティ情報が何もない状態になる、というのが多くのトラブルの原因のようです。
上記のような人が、MSA に MS のメアドを使った場合、MSA に連絡先を複数登録させる機能がありますか? 強制されるのは、本人確認用の連絡先のみなので、『その状態でメールアドレスが受信不可になるとセキュリティ情報が何もない状態になる』事に変わりは無いともいます。
下記は、MSA のサイトで新しいアカウントを作成する画面です。
セキュリティとかに詳しくない初心者が、既にメアドを持っていた場合、上記の画面でそのメアドを入力すると自分は思います。なんせ、第一候補がそうなっていますし、MS のメアド取得を促すような案内もありませんから。
上記で、「新しいメールアドレスを取得」を選ぶのは、事前に情報を得ていたか、そのように知人等から指導を受けていた場合のみな気がします。その様な人であれば、本人確認用だけで無く、予備の連絡先を登録することが不自然ではありません。
そういう人にとっては面倒を避ける意味で「外部ドメインのメールアドレスを Microsoft アカウントに登録しないことを勧める」のには一定の意味があるでしょう。
当然、上記の時には、複数の連絡先の登録も勧めますよね? それが無いなら、無意味と思います。あれば、意味があるし、結局、そちらがトラブルを避ける主要因と思います。
私も外部ドメインの利用は上とは別の理由(組織アカウントとの重複の可能性)も含めて、利用はお勧めできないと思っています。
自分は組織アカウントなんて無関係なのでその辺りは判りません。ただ、組織アカウントのメアドを、個人の MSA にすることは、公私混同等の理由で、元から NG な気がします。それとも、組織アカウントとは、個人が私的に使っていたメアドを利用するのがデフォルトなのでしょうか?