Windows Server 2016 の IME は元々「従来の IME」なので、切り替えのスイッチはありません。
この問題は IME の新しい古いに関係なく数十年前から存在しています。これは IME(日本語変換)が入力対象のアプリケーションとは別のプロセスとして実行されるので、IME が入力先の場所(テキスト ボックスなど)を見失うと発生します。
新しい IME の方が動作原理上見失いやすいようなので、従来の IME に切り替えることで緩和される場合がありますが、従来の IME でも発生するときは発生します。
発生の条件(直接の原因)はさまざまですが、入力先のアプリケーション側に問題がある場合もあるので、まずはアプリケーションのベンダーに相談されることをお勧めします。