私も同様の状態でした。
Microsoft Store の iCloud Store 版のレビューに同様の症状の方がいます。
iCloudの設定変更やWindowsを再起動する度に、HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\CLSID の配下に異なるキー(おそらくキーはランダム)で、新規作成されているようです。
私の行った手順は、
1.iCloudをアンインストール
2.レジストリエディタでHKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\CLSID配下をメニュー[編集]-[検索]で、"iCloud Photos" 等で検索し、キーを探します。
3.その配下の System.IsPinnedToNamespaceTreeを探し、値を1 → 0 に変更します。
4.HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\WOW6432Node\CLSID\の配下にも同様に存在しているようなので、同様にSystem.IsPinnedToNamespaceTreeを探し、値を1 → 0 に変更します。
5.アイコンの数以上存在するようなので、2 ~ 4 を繰り返す。
上記でエクスプローラからは非表示にできるはずです。
「As/R」というファイル管理ソフトでは、残り続けるようなので、私の場合はキー自体とそれに関連するレジストリキーで検索して(アイコン1つにつき4個ぐらい)を削除しました。
たぶんiCloud をインストールすると再発すると思うので、今は入れていません。
参考にしたサイト
Creating a Link in the Left Pane of the File Explorer - like OneDrive or DropBox
https://www.codeproject.com/Tips/1116313/Creating-a-Link-in-the-Left-Pane-of-the-File-Explo
[Windows 10]ナビゲーションウィンドウにあるOneDriveを非表示にする。