返信ありがとうございます。
PDFの説明は少し違って PDF Professional Filter となっております。
まずはプロパティのみにチェックを入れてやってみましたが変わらずでした。
その際にかかった時間は体感で数秒程度の速さで処理が完了したとなりました。(数は10400個)
その後、プロパティとコンテンツにチェックを戻して PDFのチェックを外して
再構築しましたが変わらず。(時間は5分程度9441個)
PDFのチェックを外したままプロパティのみにした結果は上記と同じで効果なしでした。
現在PDFにチェックを入れなおしてプロパティとコンテンツにチェックを入れ元の状態に
戻るように再構築しているのですが941個目で止まったまま10分以上が過ぎております。