YAMAHAルータ側の原因ではないと思います
ルータ側のログを見る限りVPNの切断自体は問題なく成功しているので
PC側のLAN接続を物理的に切り離してもシャットダウンに失敗するので
原因はWindows側でしょう
正確にはWindowsのLANドライバのバグかな?
一度VPN接続するとLANドライバの何らかの設定がONになったまま切れなくなり
それがシャットダウン時にLANデバイスがシャットダウン操作を受け付けなくなる
原因となり、結果的にLANドライバから停止信号が返って来ないので、
タイムアウトになるまでシャットダウン操作が停止するのだと思います
Windowsのシャットダウン動作時にLANドライバからデバイス停止の返信が無くても
それを無視してシャットダウン動作を継続するように改良すれば問題は回避できると
思いますが、Microsoft側はそれをやってくれるでしょうか?