くろねこです。
複数のNTFSアクセス許可がある場合、足し算になります。
また、複数の共有フォルダアクセス権がある場合足し算になります。
しかし、NTFSアクセス権と共有フォルダアクセス権はどちらか制限の厳しい方になります。
トンネルが2か所あると考えるとよいのではないでしょうか。
ネットワーク越しにアクセスする場合、まず共有フォルダアクセス権の許可不許可を確認し
次にNTFSアクセス権で許可不許可を確認する...
あと複数のNTFSアクセス権があるということですが、対象ユーザーが複数のグループに
属しているということはないでしょうか。
足し算なのでどこかのグループで許可されていれば、許可されます。
また、何度も再起動されているとのことなのでこれはないかと思いますが、
一度アクセスしてアクセストークンができていればアクセスが可能です。
一度、マイクロソフトマネジメントコンソールから、コンピュータの管理/共有フォルダ
セッションで該当ユーザーが接続していないか確認し、接続していれば切断してから確認
してみてはいかがでしょうか。
あと、個人的にですがNTFSアクセス権だけで必要なコントロールはほぼできると思います。
共有アクセス権は触らず初期値のEvryoneフルコントロールの状態でとどめておく方が、
考えるべき場所を一か所にでき、幸せになれると思います。
また、NTFSアクセス権であれば、コマンドラインからまとめてバッチで変更などができ
便利であると思います。
以上、問題が早く解決するとよいなと思います。