私もまったく同じ状況に悩みました。
Windows 7 PRO 64bitで、2TB のHDを2つに分け、C:にシステム、D:にデータとかシステム関連のTEMPフォルダーや pagefile、IEのテンポラリ などを置いています。
最初の内はこの状態でイメージバックアップする時 D: はチェックボックスで除外できていました。つまりC:だけのイメージバックアップを外付け別ドライブE:に作成していました。
ところが、ある時突然(2013-4月)、チェックボックスが出なくなって、D:を除外できなくなりました。原因は思い当たりません。OSやウィルスソフトの自動更新くらいしかやっていませんから。
あちこちの相談室を検索してみましたがはっきりしたことは分からず、次のようなことをやってみました。
以下、OK というのはD:を除外できる状態、ダメというのはD:が除外できない状態として記述します。
1、D:からシステム絡みのファイルを1つづつ削除して確認した。が幾らやってもダメ続きで根負けする。。
2、結局、D:を全部空にしてみるとこれはさすがにOKになった。
3、D:に写真jpgデータを1こだけ保存しただけの状態ではOKなんだが、ここで一度再起動すると、System Volume Infomation ファイルが作成され、そこでまた振り出しにもどり、ダメになる。
ということで、とても素人の私には理解出来ません。
諦めて、4ヶ月ほど前の、正常だったシステムイメージバックアップ(2012-12月)を復元すると、元の正常に戻りました。そしてOSやウィルスソフトの自動更新を最新版までやってみましたが、全然問題無く OKです。つまり、自動更新のせいでもなかったということ。他のアプリも同様に更新しましたが、問題ありません。
これならOKと、しばらく使用して、1ヶ月ほどしたらまたダメ状態になりました。
今度も1ヶ月前の正常なイメージバックアップからリストアしてやると、元通りになりました。自動更新とか進めても問題ありません。
結局何が原因だったのかは分かりませんが、アプリでもなさそうです。
このスレへの投稿としては年数も経ち過ぎていますが、このような事例もどなたかの参考になればと思って投稿します。