チャブーンです。
この件ですが、前提条件として「RDSCALを複製元とは切り離して『併用したい』」ではない、ということでよいでしょうか?
このような条件はライセンス違反になるため、回答ができません。
複製したRDSサーバーで「RDSライセンスが存在しない」状態で使いたい、という場合は、一番簡単なのはライセンスサーバー機能を削除してしまうことではないでしょうか?この場合ライセンスサーバーが存在しないため、RDSCALの利用はできないでしょう。
RDSCALの情報をリセットする方法はわかりませんが、RDSライセンスサーバーの関連レジストリを削除することで、初期化できる可能性はあります。当然このような方法はサポートされないので、自己責任で行ってください。以下の資料にレジストリなどが書いてあります。
Guidance for troubleshooting RDS Licensing - Windows Server | Microsoft Learn
MSにサポートされた方法、というなら、RDSライセンスサーバーを新規に作り直す以外はないと思います。なお念のためですがRDSライセンスサーバーに狭義のHA(可用性)の機能はありません。1つのライセンス情報を複数サーバーで共有する、という文脈がないためです。なので、ライセンス情報のコピーという考え方そのものがサポート外になるだろう、と個人的には思います。