チャブーンです。
この件ですが、率直に申し上げますと「秘密鍵を追加しようとすると、」というくだりに、認識違いがあるかもしれません。
証明書購入の際に、購入元に「CSRファイル」を送付したはずですが、この際秘密鍵は「CSRを作成したサーバー」内に作成され、単独で取り出す方法はありません。ですので、certutil.exeは必ずCSRファイルを作成したサーバー上で実行する必要があります。おっしゃるコマンドは(サーバー内の既存の秘密鍵を)あらたな証明書と紐づけるための操作になります。
くだんのWindowsセキュリティのUIダイアログですが、おそらく「秘密鍵自体が(サーバー上に)ないので、Smartcardで秘密鍵を挿入してください」というメッセージだと思います。
ですので、まずCSR要求ファイルを作成したサーバーを見つけ出し、そこでコマンドを実行してみてください。