LA soluzione sarebbe inglobare i file nel db, ma tutto lieviterebbe... con un sql server express avresti il limite dei 10gb del db...
Forse la cosa più semplice sarebbe avere un unica share dei pdf, via access gli setti i permessi puntuali esclusivi.
Per i file attuali dovresti generare da access un batch che usando icacls setterà tutti i permessi corretti. Per i nuovi pdf da inserire devi sempre fare in modo che access ne generi le permission , ma qui non so come viene alimentato l'archivio dei pdf..
Da sistemista mi verrebbe da dire prova questi documentali, con tutto ciò che ne consegue (ricerca all'interno dei pdf o doc, security sui file etc.):
https://docs.mayan-edms.com/ https://docs.alfresco.com/content-services/community/