Ciao,
Sono Nunzio, un utente esperto dei prodotti Microsoft, benvenuto in community.
Dovresti provare per prima cosa a capire cosa è a generare quelle finestre all'avvio.
Scarica autoruns:
https://docs.microsoft.com/en-us/sysinternals/d...
Estrai in una cartella il contenuto dello zip
Clicca con il tasto destro su autoruns64.exe e poi vai su Esegui come amministratore.
Verifica se nella sezione Logon hai qualche riferimento a "cmd", se hai dubbi invia una schermata di quel che vedi in autoruns