[...] mis à part des mails importants que j'avais dans un sous-dossier sur Windows Mail, que j'ai transférés à moi-même, mais que je ne retrouve pas sur WLM (et bien dans Windows Mail). [...]
Le plus simple est d'utiliser l'outil d'importation de Windows Live Mail : 'Windows Live Mail'--> 'Importer des messages' --> sélectionner 'Windows Mail'.
La procédure d'importation permet de sélectionner les dossiers que l'on souhaite importer.
Bien entendu, il faut avoir préalablement récupéré le dossier de stockage de Windows Mail et en avoir mis une copie accessible par Windows Live Mail (sur un clé USB ou sur le disque dur par exemples).
Pour savoir où se trouve le dossier de stockage de Windows Mail, voir cette page de mon site
Pour l'importation des messages à partir de Windows Live Mail, tu peux t'inspirer largement de cet autre page de mon site qui décrit l'utilisation du l'outil d'importation de Windows Mail qui, à quelques détails près totalement insignifiants, est le même que celui de Windows Live Mail.