Hola Sofia Rodriguez
Por lo que describes, lo primero que revisaría es si la actualización de .NET Framework introdujo un cambio de compatibilidad que esté afectando a las aplicaciones heredadas. Te recomiendo validar la versión de .NET que requiere cada aplicación y comparar esa información con la versión instalada actualmente en el sistema. También es muy importante revisar los archivos de configuración (.config) en busca de binding redirects incorrectos o referencias a ensamblados que ya no coincidan con las versiones esperadas.
A continuación, abre el Visor de eventos de Windows y revisa los registros de Application, prestando especial atención a los eventos .NET Runtime, Application Error y SideBySide, ya que suelen proporcionar detalles bastante claros sobre fallos de carga o dependencias rotas. Si sospechas de conflictos de ensamblados, herramientas como Fuslogvw.exe (Assembly Binding Log Viewer) pueden ayudarte a identificar exactamente qué dependencia no se está resolviendo correctamente. Además, verifica que todas las bibliotecas de terceros requeridas por la aplicación sigan presentes y que no hayan sido reemplazadas durante la actualización.
En la mayoría de los casos, los registros de eventos junto con el análisis de binding de ensamblados suelen señalar rápidamente la causa raíz del problema. Si esta información te resulta útil, no dudes en hacer clic en "Accept Answer", ya que nos ayuda a saber que la solución ha sido de ayuda.