Un servicio de sincronización y hospedaje de archivos de Microsoft.
Hola, mi nombre es Héctor y estaré feliz de ayudarte hoy.
Debo mencionar que este es un foro público de usuarios para usuarios como tú y yo por lo que no tenemos acceso a información y/o seguridad de las cuentas.
Cierra rclone y detén la aplicación de OneDrive en tu ordenador inmediatamente para evitar que la "eliminación" se propague o sobrescriba metadatos, ve a onedrive.live.com desde un navegador, da clic en el icono de engranaje (Configuración) > Opciones > Restaurar tu OneDrive, selecciona una fecha y hora anterior al inicio de la sincronización con rclone , esto revertirá el estado del backend de OneDrive, recuperando los archivos "fantasma".
Si lo anterior no funciona te dejo el medio para contactar con un representante de Microsoft:
https://support.microsoft.com/contactus
Cuando utilices el chat, explica tu problema como "recuperación de datos" y rechaza cualquier sugerencia automática hasta que te proporcionen un enlace para hablar con una persona real.
Mantenme al tanto del resultado para continuar el acompañamiento.