Hola Pedro chapinal,
El comportamiento que describes en Windows Server 2016 apunta a una corrupción profunda del perfil de usuario y los componentes del shell, en lugar de un problema de configuración aislado. El hecho de que el menú Inicio no responda, Windows Update no funcione y explorer.exe aparezca duplicado incluso con un nuevo usuario administrador indica que el subsistema gráfico y los servicios de actualización están dañados a nivel del sistema. Las ejecuciones fallidas de SFC y DISM confirman que no se pudieron reparar los archivos críticos desde la imagen local.
En este caso, la solución viable sin reinstalar consiste en realizar una actualización in situ ("instalación de reparación") utilizando el medio de instalación de Windows Server 2016 con la misma compilación y nivel de parches. Esto conserva los roles y la configuración de Active Directory, pero reemplaza los binarios del sistema dañados y restablece los componentes del shell y Windows Update. Antes de continuar, asegúrate de tener una copia de seguridad completa del estado del servidor y de la base de datos de AD. Si no es posible realizar una instalación de reparación, la única alternativa compatible es migrar los roles a un nuevo servidor y dar de baja el actual.
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