Hola, soy Ramesh.
Respecto al MSRT, el comportamiento que ves es normal. El escaneo puede encontrar inicialmente algunos elementos sospechosos que serán verificados con el servidor en la nube (Microsoft Active Protection Service). El resultado final variará de los hallazgos iniciales si la nube dice que los archivos están limpios.
El resultado final y el informe resumen por sí solos importan.