Die Kontakte werden über Ihr Microsoft Konto synchronisiert und sind unter Kontakte einsehbar und können auch hier verwaltet werden. Kontakte die von einem Dienst (wie Skype) verwendet werden können nicht gelöscht werden.
Sie können sich bei Skype anmelden und dann in Ihrem Profil die Verknüpfung zum Microsoft Konto aufheben. Dieser Vorgang kann einige Zeit (auch Tage) in Anspruch nehmen. Sie dürften dann bald Ihre Kontakte löschen können.
Ich wünsche auf jeden Fall viel Erfolg!