Moje otázka tedy zní, jak mám vrátit změny, které provedl chkdsk nahrazením defaultním ID zabezpečení?
Obnovením oddílu (s Windows XP) ze zálohy. V tomto případě neexistuje žádný krok zpět, který pravděpodobně hledáš.
Další možností je NTFS práva ručně nastavit. Není to tak hrozné jak to vypadá ale pracné to rozhodně bude. Také záleží na tom co všechno bylo nahrazeno. Většina adresářů má zděděná práva od nadřízeného adresáře. Přerušené dědění je jen na několika místech (hlavně na uživatelských profilech - adresáře v Document and Settings).
Nejprve je potřebné převzít vlastnictví souborů a teprve pak můžeš nastavovat práva.